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Die Gemeinde liegt beim Wasserschloss der Schweiz, wo drei der fünf grössten Flüsse der Schweiz – Aare, Limmat und Reuss – zusammenkommen. Etwa einen Kilometer nördlich des Dorfzentrums fliesst die Reuss in die Aare, nochmals einen Kilometer weiter entfernt befindet sich die Mündung der Limmat. Der alte Dorfkern liegt auf einer Terrasse zwischen dem Ostufer der Reuss und dem westlichen Abhang des Gebenstorfer Horns, einer Erhebung des Tafeljuras. Das Tal des Hölibachs, der westlich des Dorfzentrums in die Reuss mündet, nimmt einen grossen Teil des südlichen Gemeindeareals ein. In der Flussschlaufe der Reuss liegt der junge Ortsteil mit der Bezeichnung Reuss, der mit Gebenstorf zusammengewachsen ist.